Το Πολυδένδρι Ημαθίας είναι κτισμένο στις δυτικές πλαγιές των Πιερίων ορέων, σε υψόμετρο 750μ. 

Το χωριό είχε διάφορες ονομασίες, όπως Κλεφτοφωλιά, πιθανότατα διότι κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821 υπήρξε τόπος στον οποίο κρύβονταν οι κλέφτες και αρματολοί, λόγω της στρατηγικής του θέσης στα Πιέρια.

Βέβαια, η παλαιότερη ονομασία του χωριού ήταν Κόκκοβα και πιθανολογείται ότι έχει σλαβική προέλευση. Ο Στάθης Ασημάκης (Τοπωνύμια -οβα, -οβο, -ίστα, -ίτσα, Αθήνα 2015, σελ. 35) αναφέρει πως κατά την ετυμολογική διάκριση της ονομασίας μπορεί να διακρίνει την αλβανικής προέλευσης λέξη  kok=κεφάλι που σημαίνει σημαντικός οικισμός και στην κατάληξη διακρίνει την λατινική λέξη ovis (Πρόβατο, που κι αυτό με τη σειρά του έχει κοινή πρωτοϊνδοερωπαϊκή καταγωγή με την αρχαιοελληνική λέξη ὄϊς). Άλλη μία αναφορά γίνεται στο λεξικό με τίτλο “Glossarium graeco-barbarum” του Ioanni Meursi (1614), κατά την οποία η λέξη Κοκκόβα ή Κουκούβα, έχει άμεση ετυμολογική σχέση με το κοκκοβαία και σημαίνει γλαύξ (κουκουβάγια).

Η ονομασία αυτή άλλαξε κατά τη διαδικασία μετονομασίας των οικισμών της Ελλάδας, με το ΦΕΚ 401/1926, σε Πολυδένδρι λόγω των εξαιρετικά μεγάλων δασικών εκτάσεων που το περιβάλλουν.

Η παλαιότερη θέση του χωριού ήταν κοντά στην τοποθεσία «Αμπέλια», πιο χαμηλά, κοντά στον ποταμό Αλιάκμωνα. Σιγά-σιγά, ο πληθυσμός  μετακινήθηκε πιο ψηλά, στην σημερινή θέση του χωριού, και εμπλουτίστηκε με κάποιες οικογένειες που ήρθαν από την περιοχή του Σουλίου, από το Χόρμοβο Ηπείρου και την Κόνιτσα.

Τον προηγούμενο αιώνα το Πολυδένδρι, ήταν κεφαλοχώρι της περιοχής. Μέχρι την δεκαετία του 1980 διέθετε σταθμό χωροφυλακής, αγροτικό ιατρείο, δασοφυλακείο, ταχυδρομικό ταμιευτήριο και δικαστήρια, περιστασιακά.

Σήμερα, δυστυχώς, το χωριό κατοικείται από πενήντα περίπου μόνιμους κατοίκους.